หลังจากที่มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติจัดระเบียบราชการกระทรวงกลาโหม  พ.ศ. 2551 ในราชกิจจานุเบกษา  เมื่อวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ 2551 แล้วมีผลทำให้กรมกิจการชายแดนทหาร สำนักผู้บัญชาการทหารสูงสุด ต้องปรับสภาพหน่วยเป็นกรมกิจการชายแดนทหาร กองบัญชาการกองทัพไทย โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2551 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบันนี้

ผังการจัด

การแบ่งมอบ : เป็นหน่วยขึ้นตรง  กองบัญชาการกองทัพไทย

ภารกิจ : พิจารณาเสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และดำเนินการเกี่ยวกับ ความมั่นคงชายแดนระหว่างไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน

วิสัยทัศน์ : กรมกิจการชายแดนทหาร เป็นหน่วยงานหลักของกองทัพไทยในการเสริมส้รางความมั่นคงชายแดน
                 ความสัมพันธ์อันดีและความร่วมมือด้านความมั่นคงกองทัพประเทศเพื่อนบ้านเให้เป็นที่เชื่อมั่นและยอมรับจากทุกภาคส่วน

พันธกิจ

    1. เป็นหน่วยบูรณาการ ประสานงานและกำกับดูแลการเสริมส้รางความมั่นคงชายแดน

    2. เป็นสำนักงานเลขานุการคณธกรรมการร่วมมือด้านความมั่นคงชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน

    3. เป็นสำนักงานเลขานุการกองอำนวยการปฏิบัตินโยบายชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน (กอ.นชท.)

ภารกิจที่ได้รับมอบหมายพิเศษ 
    ศูนย์ประสานงานประเทศเพื่อนบ้านเพื่อแก้ไขปัญหายาเสพติด ศูนย์อำนวยการป้องกันและปราบปรามยาเสพติดดองทัพไทย (ศปย.ศอ.ปส.ทท.)

ขอบเขตความรับผิดชอบและหน้าที่ที่สำคัญ

     1. พิจารณาเสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และดำเนินการเกี่ยวกับ การรักษาความมั่นคงชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน การจัดระบบป้องกันและการสื่อสาร เพื่อจัดระเบียบพื้นที่ชายแดนให้เป็นไปตามนโยบายความมั่นคงแห่งชาติของไทย ต่อประเทศเพื่อนบ้านยุทธศาสตร์ความมั่นคงชายแดน  ยุทธศาสตร์ความมั่นคงแห่งชาติของไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน แผนป้องกันประเทศ และระบบการต่อสู้เบ็ดเสร็จ

     2. อำนวยการ ประสานงาน และร่วมดำเนินการช่วยเหลือราษฎรไทยที่ได้รับ ผลกระทบ จากการสู้รบตามแนวชายแดน หรือได้รับความเดือดร้อนจากกลุ่มผู้หนีภัยจากการสู้รบ และกำลังจากภายนอกประเทศ ในการดำเนินงานตามนโยบายชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน

     3. ดำเนินการในหน้าที่สำนักงานเลขานุการกองอำนวยการปฏิบัตินโยบายชายแดนไทย กับประเทศเพื่อนบ้าน

     4. ดำเนินการในหน้าที่สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการร่วมด้านความมั่นคงชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน

     5. ดำเนินการในหน้าที่สำนักงานเลขานุการให้กับคณะอนุกรรมการประสาน การจัดระบบป้องกันเพื่อจัดระเบียบพื้นที่ชายแดน

     6. รวบรวมสถิติข้อมูล ประเมินผล และรายงานผลการปฏิบัติงานตามขอบเขตความรับผิดชอบและหน้าที่ที่ได้รับมอบหมาย