เมื่อ พ.ศ.2548 มีการปรับปรุงโครงสร้างการจัดและอัตราของ ศูนย์ประสานงานชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้านใหม่ เพื่อเตรียมความพร้อมการแปรสภาพเป็นหน่วยปกติ คือ กรมกิจการชายแดนทหาร โดยให้ทดลองปฏิบัติราชการตามโครงสร้างใหม่ตั้งแต่วันที่1 ตุลาคม 2548 เป็นต้นมา

ประกอบด้วย หน่วยขึ้นตรง 8 หน่วย ได้แก่
1.กองกลาง  
2.กองเลขานุการ  
3.กองแผนและโครงการ  
4.กองกิจการชายแดนไทย-กัมพูชา  
5.กองกิจการชายแดนไทย-ลาว  
6.กองกิจการชายแดนไทย-พม่า  
7.กองกิจการชายแดนไทย-มาเลเซีย  
   และให้นำสำนักงานเลขานุการหมู่บ้านป้องกันตนเองชายแดน หรือศูนย์อำนวยการร่วม 105 เดิม
เป็นหน่วยขึ้นตรง กรมกิจการชายแดนทหาร โดยภายหลังปรับชื่อหน่วยเป็น กองกิจการเพื่อความมั่นคง

ตามคำสั่งกระทรวงกลาโหม (เฉพาะ) ลับ ที่ 222/49  ลงวันที่ 31 สิงหาคม 2549 ให้จัดตั้ง กรมกิจการชายแดนทหาร (ชด.ทหาร) เป็นหน่วยขึ้นตรง สำนักผู้บัญชาการทหารสูงสุด โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2549 โดยมี พลโท นิพัทธ์  ทองเล็ก ดำรงตำแหน่ง เจ้ากรมกิจการชายแดนทหาร ท่านแรก